Los estudios arqueológicos revelan que La Nopalera tuvo al menos dos periodos de ocupación bien diferenciados. Durante la primera etapa, este lugar fue un asentamiento típico de la cuenca del lago de Cuitzeo, caracterizado por su pequeño tamaño y la ausencia de vínculos directos con un señorío dominante. Sin embargo, el sitio presenta características arquitectónicas y cerámicas que muestran la influencia del Bajío, como patios hundidos y cerámicas decoradas. Además, en las tumbas del sector suroeste se encontraron objetos con claras influencias teotihuacanas, e incluso algunos individuos fueron sepultados con atuendos que los identifican con personajes de esta gran ciudad del altiplano central. Este crisol cultural muestra cómo La Nopalera fue un punto de encuentro donde convergieron diversas tradiciones, aunque sin perder su identidad local.

En el segundo milenio, La Nopalera adquirió mayor relevancia al convertirse en un centro administrativo del Señorío Tarasco. Este cambio trajo consigo transformaciones en las prácticas funerarias y la aparición de nuevas tecnologías, como la metalurgia del cobre. Sin embargo, el registro arqueológico indica un periodo de abandono, seguido por la reocupación y adaptación del sitio por nuevos habitantes.